De stad bestond oorspronkelijk uit drie verschillende steden rond de plaats waar de Han-rivier samenvloeide met de Yangtze-rivier (Changjiang, 长江, lange rivier). De Yangtze-rivier stroomt over het algemeen van west naar oost door centraal China, en in het gebied van Wuhan stroomt hij van het zuidwesten naar het noordoosten. De veel kleinere Han-rivier komt binnen vanuit het westen.
De stad aan de zuidelijke oever van de Yangtze heette Wuchang. Het stond lang bekend als een educatief centrum voor confucianistische geleerden en literatoren, en voor zijn kunsten, en het was een provinciale hoofdstad tijdens de Yuan (Mongoolse) dynastie. De stad aan de noordelijke oever van de rivier de Han en de Yantze heette Hankou.
Het was een financieel en handelscentrum, en toen de Britten het in de jaren 1800 controleerden, werd het na Shanghai het op één na grootste financiële en handelscentrum in China. De stad aan de zuidelijke oever van de Han-rivier tussen de Han en de Yangtze heette Hanyang. Nu is het het industriegebied van de stad met autofabrieken, zware industrieën en geavanceerde industrieën.
De Britten vielen het gebied in het midden van de 19e eeuw binnen en gebruikten Hankou als handelshaven. Goederen uit het hele Britse rijk, 1/7 van het landoppervlak van de wereld, kwamen binnen op schepen en werden geruild voor goederen uit heel China, het dichtstbevolkte land ter wereld. De Britten hadden een kleine enclave langs de rivier in Hankou van ongeveer 30 kilometer in oppervlakte, en ze bouwden enkele gebouwen die er nog staan.
Er is een groot mooi douanegebouw dat nog steeds overeind staat. Het moet toen erg imposant hebben geleken, aangezien de architecturale methoden geavanceerd waren. Er werden spoorwegen aangelegd die de Britse haven met Noord-China verbond, waardoor het een van de drukste havens in China werd. De Yangtze-rivier stond stoomboten toe om koopwaar meer dan 1.000 kilometer landinwaarts vanaf de kust te vervoeren.
In de vorige eeuw was het gebied dat nu Wuhan heet het toneel van enkele belangrijke politieke gebeurtenissen. Ten eerste promootte de gouverneur van de Qing-dynastie, vanaf 1906, de ontwikkeling van moderne industrie en onderwijs door belangrijke industrieën te stichten en moderne scholen en universiteiten te openen.
De meeste van deze universiteiten zijn in Wuchang gebouwd. Hij wilde het gebied onder zijn jurisdictie moderniseren, dus werd Wuhan een toonaangevende stad in China voor industrie, onderwijs en cultuur.
In 1911 was er een opstand tegen de regering van de Qing-dynastie in de stad, gepromoot door Sun Yat-Sen, en toen was er overal in China een conflict. In 1927 organiseerde de Chinese KMT Nationalistische regering de oude steden Hankou, Hanyang en Wuchang tot een stad die de hoofdstad van China was. De nationale regering kwam korte tijd bijeen in het Hankou-district. In 1939 werd Wuhan een Japans militair hoofdkwartier en in 1944 werd de stad verwoest door de Amerikaanse luchtmacht.